但某些人认为，秦始皇曾下令将一些**保存於皇家图书馆，直到西楚霸王项羽攻破咸阳后纵火，这些书籍才彻底消失。

始皇三十五年（前212年），徐福入海求仙，费以巨万计，终不得药。始皇心里已感到受骗，於是命令御史案问诸生，互相揭发牵连四百六十余人，始皇下令把他们都在咸阳活埋。这就是着名的坑儒。

某些人认为秦始皇坑杀的乃是术士，并不是儒生，但根据《史记秦始皇本纪》记载秦始皇坑杀的人皆诵法孔子。

而且《史记儒林列传》中也说秦始皇坑杀诸生之后，六艺从此缺失。

据《史记》记载，公元前211年（秦始皇三十六年）的一年之内，连续发生三件怪事。

首先是当年出现荧惑守心的天文现象，古人把火星称作荧惑，二十八宿中的心宿简称为心，心宿就是现代天文学的天蝎座，而荧惑守心的出现则被称为大凶之兆，轻者天子要失位，严重的情况就是皇帝驾崩。

同年有一块陨石在东郡地区（今河南省濮阳市）坠落，其间有人在陨石上刻上始皇帝死而地分七字，传入秦始皇耳中。秦始皇大怒，下令御史前去挨家查问，但没有人认罪，於是把居住在那块石头周围的人全部抓来杀了，并焚毁了那块陨石。

这次事件让秦始皇心情不快，故此他让博士作了一首《仙真人诗》，等到巡行天下时，走到一处就传令乐师弹奏唱歌。

同年秋天，有一位使者从关东走夜路经过华阴平舒道，其间有人手持玉璧拦住使者，要求使者将王璧送至滈池君，并称今年祖龙死。使者问他缘由，那人随即失去踪影，并留下玉璧，使者惟有捧回玉璧向秦始皇敍述自己的奇遇。

秦始皇沉默了好一会，称山里鬼怪最多只能预知一年的事，并轻描淡写地指现时已是秋季，这话未必能应验。他在遣退使者前称祖龙的意思是人的祖先，意指祖龙死与他无关。

其后，秦始皇让御府察看那块玉璧，竟发现该玉璧是始皇二十八年出外巡视渡江时，沉入水中的那块，故为此求占问卜，占卜的结果是迁徙才吉利（史记记载的卜辞称游徙吉），因而下令迁移三万户人家到北河、榆中地区，每户授给爵位一级，而秦始皇则在公元前210年（秦始皇三十七年）进行第五次巡游，亦是他有生之年最后一次巡游。

公元前211年年尾（秦始皇三十七年），秦始皇踏上第四次全国巡游之旅，随行的包括他的幼子胡亥，左丞相李斯及执掌中车府令的赵高，右丞相冯去疾则负责留守京师，其具体巡行路线如下：

咸阳→云梦（今湖北省云梦县）→海渚（今安徽省桐城市）→丹阳（今江苏省南京市）→钱塘（今浙江省杭州市）→会稽（今浙江省绍兴市）→吴（今江苏省苏州市）→琅琊→荣成山（今山东省荣成市）→之罘（今山东省烟台市芝罘区）→平原津（今山东省德州市平原县）→沙丘（今河北省邢台市平乡县）

《史记秦始皇本纪》

秦始皇一行在该年十一月到达云梦，在九疑山遥祭虞舜，然后乘船沿长江而下，观览籍柯，渡过海渚，经丹阳到达钱塘。

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