1590年，丰臣秀吉强迫德川家康将其领地移往江户（今东京）。反而使德川家康藉机从地方性诸侯转型成全国性的诸候，并在丰臣秀吉远征朝鲜时，拒绝出兵。

1598年（庆长3年），丰臣秀吉病逝。继承人是只有六岁的丰臣秀赖。丰臣秀吉於病逝前设立五大老和五奉行，家康为五大老首席。

家康在秀吉病逝前。安排与部分大名进行婚姻，又在秀吉死后，私自分封领地。因此开始造成其他中老和奉行的不满，尤以石田三成为甚，石田三成的行动惹来了加藤清正、福岛正则等人袭击治、武斗派斗争)。

在家康安排下，石田三成在佐和山城隐居。家康继续在伏见城及大坂城执行政务。

1599年，在大阪城祝贺秀赖时，德川家康察觉了对自己的暗杀计划，主谋者是前田利长、浅野长政、大野治长及土方雄久。

大坂城内要求讨伐前田利长的声势高昂。德川家康在准备出兵之际，前田利长将他的生母芳春院送往江户城成为人质，事件得以平息。

不过，不满德川家康的声音并没有减退，户泽正盛汇报东北地方大名上杉景胜积极进行军备，行动极不寻常，德川家康派遣使者要求景胜汇报甚至迫使上洛。

上杉景胜没有理会警告，其家臣直江兼续写了《直江状》指责德川家康，德川家康看过后大怒，终在5月3日发表讨伐上杉的宣言。

虽然五奉行中的前田玄以、长束正家和增田长盛以及三中老的中村一氏及生驹亲正要求中止出征，但德川家康决意行动，6月16日由大坂城出发，7月2日到达江户城。

7月中旬，石田三成与部分支持丰臣家的大名开始有所行动，以打倒德川家康为目的，7月18日包围伏见城，并开始进行攻击。

8月1日西军攻下了伏见城，7月24日德川家康在小山的时候，斥候汇报了石田三成起兵的举动。德川家康在7月25日进行小山评定，大部分的随行大名支持德川家康的行动，并立即折返到江户城。

德川家康回到江户城，并派遣先锋部队在东海地方及东近畿地方交战。德川家康在9月1日出发，9月14日到达美浓。9月15日双方在关原交战，最初的形势对东军不利，西军逐步进迫到阵；不过到了中午左右，西军的小早川秀秋受到德川军恐吓射击后叛变支持东军，形势得以扭转。最后东军在此场战争取胜，自此权力落在德川家手中。

战后，德川家康积极处理政务，调配大名间的领土，而且经常在京都活动。为了成为将军，他尝试将德川氏的系谱改变（其实从「松平」改为「德川」时就早已改变了）。

1603年，朝廷中的使者到达伏见城，德川家康出任征夷大将军，并创立江户幕府，也称为德川幕府，同年将千姬嫁给丰臣秀赖以示友好。

1605年，德川家康退位给三男秀忠，被一般人称为大御所。德川家康表面上在骏府城隐居，但实际上德川家康仍然掌握了大权，在冈大八事件和大久保长安事件之中均由德川家康作主导。

1614年方广寺钟铭事件中，德川家康藉口钟铭内有对自己不利的句，尝试迫使秀赖完全臣服。但是丰臣方摆出备战的姿态，丰臣军积极招募浪人，加强军备，但却没有大名加入大阪方（除了阿波的蜂须贺家政但被家督至镇劝说而放弃举兵），致使德川家康下令大名准备攻击大坂城。

德川军在11月15日开始进行攻击，并步步进迫，迫使丰臣的军队撤回大坂城内，12月4日前田军和松平军擅自攻击真田丸，遭到真田信繁的猛烈反抗，结果大败。

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