2006年9月，因为年龄和健康的理由。宣布封笔，不再在公众场合露面和接受访问。同月出版的《柏杨曰》大陆新版序成为其封笔之作。

2006年，柏杨同意将56箱、共计11745件文献、文物捐赠予中国现代馆，并於2007年2月6日举行柏杨捐赠文献文物入藏新闻发布会正式移交。

另外，柏杨亦为国立台南大学首位荣誉博士，南大柏杨文物馆亦於2007年6月27日开幕，系3月31日捐赠予校方。包括1949年抵台后的重要证书、结婚证书、资治通监手稿、校对稿、杂文手稿等，与北京的藏量等量。

柏杨於2008年2月24日因肺炎并呼吸衰竭住进医院，2008年4月29日凌晨1点12分在台湾新店耕莘医院病逝，享寿88岁。

2008年5月17日，依其遗愿海葬，家属将柏杨骨灰撒入绿岛海域，另留部分骨灰择日带回中国大陆安葬，经过遗孀张香华的努力，柏杨部分骨灰於2010年9月12日被安葬在故乡河南新郑的福寿园陵园。

基督徒，1942年柏杨在偃师时进入一座防空洞躲避空袭，遇到一位拿着圣经的中年妇女，祈求主耶稣保护在防空洞里两个人的平安。在确认这个中年妇女是帮柏杨和自己祷告后，当时柏杨的反应是奚落她的信仰。

十几年后他已从大陆到台湾，某个星期天，他在新竹见到一群基督徒，每个拿着圣经的中年妇女，都好像当年在防空洞中的那位对柏杨传福音的妇女，他身不由己的随着她们走进教堂。从此开始聚会成为基督徒。

柏杨后来曾参加安息日会，甚至在国际青年归主协会函授学校担任过函授教师，与台北仁爱路浸信会的齐永培女士有过一段婚姻。

基督教给我的裨益太多，柏杨如此说。2008年5月14日15时，柏杨的安息追思会在台北市台湾基督长老教会济南教会举行。

柏杨妻子张香华说丈夫的小说很糟糕，并认为其杂文比小说好，但《中国人史纲》和《柏杨版通鉴记事》则写得很好，因为很有开创性，用的文体和杂文完全不同。

柏杨好友，物理学家孙观汉说：每个人差不多都知道自己可自豪的一面，但是柏杨使我了解我丑陋的一面，而最使我惊奇而伤心的是这种可怕的丑陋，竟不是我一人所独占，而是十亿同胞所共有的。

中国现代馆馆长陈建功评价柏杨是当代史上的奇迹。

台湾远流出版公司董事长王荣文说：我们常常抱怨社会混乱，柏老却能永葆信心。因为他从历史角度看待问题，有时候比我们年轻人还乐观。

作家聂华苓曾评价柏杨小说和杂文有一个共同点，在冷嘲热讽之中，蕴藏着深厚的爱和情。

学者陈晓明回忆指出，想要走向现代化之路，就要批判传统，柏杨对传统思想文化的批判精神和态度，很大程度上影响了我们，成为一种很经典的认知，在青年知识分子中影响很大。

同时评价柏杨是一个中国历史文化的批判者，他对中国历史文化爱之弥深，恨之愈切，只有对传统文化非常关切、对中国人怀有非常高的期望，他才会批判、揭示它的问题所在。

柏杨一生着作不辍，平生有十年小说、十年杂文、十年牢狱、五年专栏、十年通监等历程，此外还有古典诗、报导及其他散文，共完成《柏杨全集》等、历史、思想着作100余册。

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