在金元时期，经历了王嚞、马钰、谭处端、刘处玄、邱处机、尹志平、李志常、王志坦、祁志诚、张志仙、苗道一、孙德彧、兰道元、孙履道、完颜德明等十数代掌教的传承。

它整个发展的历史，大略经历了四个时期。

这么一个大派，自然有着兴盛和衰落的时期，就连修仙世界一些帝朝、神国，都不能永恒不衰，更何况是像全真教这样没有仙人存在的门派呢？

全真初期：全真道从初建至金末，是初传时期。

王嚞经过多年努力，于大定七年（1167）把教派建立起来之后，于大定十年死于从山冻返回讪西的途中。

马钰嗣教，七大弟子分别在秦、翼、鲁、豫等地修炼、传教，而以马钰所活动的关陕一带为传播中心。

尹志平《北游语录》称，马钰掌教时期，遵行“以无为为主”的教旨。

所谓无为，指全真道的个人内修之“真功”，即以很大精力从事个人修炼，而不以太多的精力与时间去发展教徒，营造宫观。

此时期他们大多过着清修苦炼、云游乞食的生活，但却逐渐吸引了一部分信徒，也赢得了一些中下层官吏的敬信和保护。

此时与金廷上层统治者也无直接关系，组织规模和力量也比较小。

自刘处玄于金大定二十六年、丘处机于金泰和四年（1204）相继掌教以后，始逐渐重视创立宫观和收徒活动。

《北游语录》称刘处玄遵行的教旨是“无为、有为相半”，至邱处机则“有为十之九，无为虽有其一，犹存而勿用焉”。

所谓有为，即指创观收徒活动。在此时期，他们以山冻半岛为活动中心，收了相当数量的信徒，建起了一批宫观，从而引起了金廷的重视。

大定二十七年，王处一被召至京，世宗问以养生之道，次年又召邱处机进京，命庵于万宁宫之西，以便皇帝召见问道，并命他主持万春节醮事，翌年，又召王处一。

王抵京时，世宗驾崩，章宗即位命王处一为世宗设醮冥福，皇帝的一再征召问道，抬高了全真道士的身价，促进了全真道的发展。

元好问《紫微观记》描述了当时全真道传播的盛况：“南际淮，北至朔漠，西向秦，东向海，山林城市，庐舍相望，什百为偶，甲乙授受；牢不可破。”

明昌元年（1190），金廷“惧其有张角斗米之变”，“虽以惑众乱民”为由，下令“禁罢全真及五行、毗卢”，但一直未能遏制其发展，以致“已绝而复存，稍微而更炽”。

这样经过二三十年的发展之后，全真道组织已具有相当的规模，它在鲁、豫、秦、冀等地，已有了相当深厚的组织基础。

全真鼎盛：金元之交，直至南宋覆灭的数十年间，是帝国大地铁骑纵横、血火纷飞，生民涂炭的苦难年代，但也是全真道的鼎盛时期。

鼎盛局面的积极推动者为邱处机，转变的契机则是成吉思汗对他的召见。

在金世宗、章宗两朝（1161～1208），经过刘处玄、邱处机的努力，全真道在民间已拥有了较大势力，金贞皊二年（1214），邱处机又应山东驸马都尉之请，出而招安杨安儿的起义军。