明军的前军这才成功摆脱清军的追咬，成功与援军合并，此役明军前军的损失较大，副统制高利勋等人也多少挂了彩，然而万幸的是除了主力战船受到一定的损伤外，其他中小型战船被火炮击沉的并不多，前军水师并没有伤到元气，而水师统制余龙在听说前军差点被人一锅端后也极为气愤，发誓要一雪此耻，与清军对战到底。

为了提高水战的胜算，朱由榔此行将六门葡式新式红夷炮和剩余的四门千斤佛朗机火炮都带来了，分批安装在各个战船上，以增强船队的火力。

当清军水师统帅施琅看到了增援而至的明军水师主力时，也不愿示弱，于是准备列队迎战。明，清两军的水师主力至此终于相遇，展开了厮杀。

清军大战船多，火力强，不过中小型船只数量相对较少，以海沧船为主，而明军大战船少，火力相对薄弱，中小型战船数量多，特别是长舟和快蟹，有明显的西洋风格，船体不大，流畅性，协调性好，机动性也很强，转向和移动较为灵活，可以做进攻主力，在水量不大的北江上，其实用性比大战船还要强出不少。

由于双方都将自己麾下拥有的力量不做任何保留地投入了战场，所以这场水战一打就是整整一天，海盗军对水盗军。

上午，清军凭借优势火力，干掉了明军十几艘中小战船，像舢板那样的船只，几乎是一炮击中就瞬间解体沉没了；下午明军的长舟快蟹凭借灵活的转向和风一般的速度，相互配合着干翻了一艘清军的五百料大战船。

到了傍晚十分，清军一共损失了大战船一艘，中小战船二十几艘，明军一方也损失不小，原先就已经伤痕累累的一条大战船在经过几小时不停地炮战后，再次不幸中弹，巨大的桅杆被击中，战船只能原地打转，无法移动，虽然没有沉没，实际却已废了。外加三四十艘中小战船，总体损失在清军之上，不过差之不大，清军水师略占上风。

于是互有损伤的双方最终鸣金收船，等待明日再战。如果就此坚持死磕下去，清军主将施琅很有把握，能坚持到最后的肯定是自己一方的船队，然而施琅却不愿意那么做，杀敌一千，自损八百，那四千水师是他和叔父立足的根本，岂能浪掷出去？要以最小的代价换来最大的收获，这不仅是海盗出身的施琅所一直坚持的原则，也是作为一名水师统领保全麾下儿郎的一种方式。一时未能想到好的破敌之策的施琅将船队停在了光口一带，大明的船队则顺势停泊在了横石矶。

收兵之后，水师营兵们都纷纷下船，在横石矶筑营休息，以求养精蓄锐来日接着打，但是作为全军的最高指挥，朱由榔却没有停下他对于战事的思考。

晚上，朱由榔召集统制余龙、副统制高利勋等人细细询问战斗的每个细节，他们一边观察横石矶的地形，一边吹着江风商议击破清军水师的方法。