围城期间，权臣郑彩想架空朱以海，进而取得军政大权。永历二年(1648年)，郑彩无缘无故击杀大学士熊汝霖，义兴侯郑遵谦十分不满，郑彩又命人逼迫郑遵谦投海而死。

朱以海得知后大怒，以死相逼，左右侍臣和郑彩赶忙劝阻，最终杀了郑彩手下十余人了事。

接着，不甘心成为傀儡的朱以海任命兵部尚书钱肃乐接任大学士，负责朝政票拟，不料，郑彩多次欺压钱肃乐，导致钱肃乐呕血而亡。

关键时刻，鲁王政权发生内讧，权利倾扎严重，给了福州的清军宝贵的喘息之机。

永历二年（1648年）年初，以平南大将军孔有德为首的三顺王大军南下，渡过长江之后，孔有德便兵分两路，本部入湖广，同时命固山额真金砺率三万汉八旗和绿营从南直隶入福建，计划在灭掉鲁王政权和福建郑氏余部后，由福建入广东和李成栋合兵，最后与湖广的主力部队左右夹击两广的永历政权。

等金砺的三万大军千里迢迢达到福建时，鲁监国政权恰巧在内讧中，位于福州城中的浙闽总督陈锦，福建提督赵国祚抓住机会，配合城外的三万援军，对明军展开了大反攻。

因为郑彩的排斥异己使鲁监国上下人心浮动，军队士气低迷，战斗力大减，在泉州和漳州一带活动的郑成功也以尊奉死去的隆武帝为名，拒绝接受鲁监国援救军令。

这种情况下，明军数战数败，仓皇而退，一路逃窜到了海岛上，才躲过清军的追击，先前攻取的福建三府一州二十七县等地旋即又被清军夺去。

眼看着清军金砺部的三万大军就要由潮州入广东了，潮州的分水关只有李成栋部参将陈虎的四千多步卒镇守，缺兵少械，形势不容乐观。期间又收到李成栋在赣州的求援奏疏。

而此时，岳州府的三顺王部东江兵主力折损严重，正在舔弄着伤口，一时半会没有反攻的力量。

两厢一结合，朱由榔打算返回广东肇庆，亲自坐镇行都，居中策应各方，同时派出御营亲军虎贲镇吴继嗣部八九千步骑急速出发，支援赣州城内的李成栋，羽林镇总兵焦琏则带着八九千步骑，马不停蹄前去潮州分水关主持军务，抵挡福建境内的金砺三万汉八旗和绿营军。

分水关是福建与广东的第一道屏障，与诏安近在咫尺，在此处立关始于大明正德年间，天启初年始筑关城，城垣周围长一千二百五十余丈，墙高一丈有八，东、西、北各有一门，关内原有炮台一座，如今又增建一座，互为援应。

城防可谓十分完备，兼之地势险要，易守难攻，只要焦琏的一万御营精锐赶在金砺破关前到达那里，基本就不会有什么问题了。

而赣州城内，有李成栋余部再加上吴继嗣的一万精锐人马守卫，满蒙八旗兵即便攻破了庐陵和宁都州，到了赣州城下，恐怕也只能望城兴叹了，对于自己一手带出来两镇亲军的实力，朱由榔还是比较放心的。