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如果重新分封诸王，只会重演春秋战国时，各国互相攻伐的苦况，因此决定把天下分為三十六郡，直至秦亡為止，共置五十四郡，每郡都设置郡守（掌民政）、郡尉（掌军政）、郡监（掌监察），由中央朝廷委任，不得世袭，并须向朝廷匯报租税、户口及治安情况。

秦始皇决定在地方治理上採用三级行政区划制度，构建中央—郡—县—乡—亭—里—什—伍—户的纵向金字塔式的控制体系，以加强对地方的控制，主要在郡设郡守，郡下设县，县设县令，但秦代的国家行政机构只下设到县级。

县之下实行「乡亭制」（亦称乡里制度），设「乡」，具体办法是在「乡」级设「三老」掌教化，「嗇夫」听讼和徵税，「游徼」侦缉盗贼。

此外，乡级以下则利用民间力量来治理，一乡辖十亭，设亭长；一亭辖十里，设「里魁」（亦称里正）；一里辖百家，五家為伍，十家為什。这种制度為秦朝带来了巨大的动员能力，即使三百多年前的波斯居鲁士大帝创建帝国之时，阿契美尼德王朝唯有省（萨特拉庇）和县作為行政区划机构。

除此之外，歷来盘踞在淮河流域的淮夷、泗夷早已变為民户，而秦始皇统一天下后，在今福建省一带地方设置闽中郡。

由於秦始皇认為闽中郡远离中原，是「荒服之国」，地处偏远，山高路险，而且越人强悍，难以统治，故实际上并未派遣官吏往闽中。只是废去当地酋长无诸及騶摇的王位，改用「君长」的名号让其继续统治该地。

郡县制在全国推行后，标誌著六国故地不会再有拥兵割据，自选官吏，财政独立的诸侯。此外，百姓的籍贯不再用以前所属的诸侯国，例如楚国人、齐国人等作為识别，而是用其所处的郡名以咨识别。

不过自秦灭汉兴后，汉高祖刘邦认為秦王室推行郡县制后。因缺乏宗室屏藩，过於孤立而亡，於是推行郡国制，大封刘氏宗室子弟為王，但却导致日后的吴楚七国之乱。因此歷代统治者都试图在郡县制至分封制之间。取得一定的平衡，以维持国祚。

為了防止六国遗民作乱，秦始皇下令收集天下的兵器，聚集到咸阳熔化，铸成大鐘及十二个铜人，每个铜人个重达二十四万斤，放置在宫廷里。

公元前215年（秦始皇三十二年）。秦始皇进行第二次巡游，途经碣石，宣布拆除原关东六国建造的城廓及堤防，称為「坠城廓、决堤防、夷险阻」。并在碣石山门刻石立碑，碑内容如下：

“遂兴师旅，诛戮无道，為逆灭息。武殄暴逆。復无罪，庶心咸服。惠论功劳。赏及牛马，恩肥土域。

皇帝奋威，德幷诸侯，初一泰平。堕坏城郭，决通川防，夷去险阻。地势既定，黎庶无繇，天下咸抚。

男乐其畴，女修其业，事各有序。惠被诸產，久并来田，莫不安所。羣臣诵烈，请刻此石，垂著仪矩。

译：皇帝兴师用兵，诛灭无道之君，要把反叛平息。武力消灭暴徒，依法平反良民，民心全都归服。论功行赏眾臣，惠泽施及牛马，皇恩遍布全国。